全新的群，比例变化大或者差异基因多的群

机制验证：细胞群的验证。将这个细胞群分选出来导入PDX模型中，是否促进肿瘤生长。

和某类细胞在一起的时候会促进这个细胞类型的特性，流式分选出来与那个细胞类型进行共培养。

多样本合并与批次效应

先不消除批次效应，有可能矫枉过正。

肿瘤异质性高，

不同 数据背景不同，软件不同

数据降维，聚类及细胞注释

分群可靠性：分为几个群可靠，群之间是否只有这个细胞群是否混有其他类型细胞，过度态细胞，双细胞等。

marker基因可靠性—细胞状态

亚群划分

亚群在样本中分布，细胞差异

差异基因集富集分析

特定亚群细胞丰度的变化

差异基因

基因在哪个细胞类型上调下调， 通路在哪个细胞类型富集

单细胞细胞缺失值多。因此需要群进行分析。

CNV预测分析

找出上皮细胞中真正的肿瘤细胞

轨迹分析

差异大的群

只有特定基因表达，产生的新群。

热图看在癌症发生过程中通路的变化

RNA速率根据基因剪切与否推断根部的点和分化的点。在UMAP等图，用箭头推断方向。

转录调控网络分析

差异基因与转录因子关联起来。

细胞通讯（细胞和细胞群之间的关联）

正常和疾病条件下细胞通讯发生怎样变化。

网络 全局性展示

特定

细胞因子，免疫因子，细胞抑制的因子在哪些细胞类型之间有关联的。既可以做受体也可以做配体。

空间重建

根据单细胞的数据进行空间重建

利用受配体之间相互作用，如果有较强的作用力的话，空间上可能就较近

肿瘤细胞，动物细胞都能做

定义打分

通路之家相关性。对细胞定义有帮助

与TCGA关联的生存分析

添加signature ,用几个基因代表细胞类型，用这几个基因的表达量分组看生存分析，判断细胞类型的影响

细胞通路和与TCGA关联是肿瘤研究的落脚点。